新型肺炎患者康复后可能出现一些后遗症，比如部分患者会有呼吸系统方面的后遗症，有研究显示约10%-30%的患者在病后3个月仍存在呼吸困难、活动耐力下降等情况。
呼吸系统相关后遗症
肺部纤维化： 部分重症新型肺炎患者在康复后可能出现肺部纤维化，影响肺部的正常功能。肺部纤维化会使肺部的弹性降低，气体交换受到阻碍，患者可能会长期有咳嗽、气短的症状，尤其是在活动后气短会更加明显。肺功能下降： 即使是轻症患者，康复后也可能存在肺功能下降的情况。例如一些患者的肺活量会降低，在进行日常活动时，像爬楼梯等，就会比患病前更容易感到气喘。
心血管系统相关后遗症
心脏损伤： 有研究发现，部分新型肺炎患者康复后可能出现心脏损伤相关的后遗症。比如心肌酶谱异常，心脏的收缩和舒张功能可能受到一定影响，患者可能会有心悸、胸闷的感觉，在做心电图检查时可能会发现心律失常等情况。血管内皮功能异常： 新型肺炎可能会影响血管内皮功能，导致血管的弹性和调节功能出现问题。这可能会使患者的血压调节受到一定影响，部分患者可能出现血压不稳定的情况。
神经系统相关后遗症
嗅觉味觉障碍： 不少患者康复后会出现嗅觉和味觉减退或丧失的情况。有数据表明，约1/3的患者在患病后会有不同程度的嗅觉或味觉异常，有的患者可能要数月才能恢复，严重影响生活质量。神经精神症状： 部分患者康复后可能出现神经精神方面的后遗症，如焦虑、抑郁、失眠等。这可能是因为疾病带来的身体不适以及心理压力等多种因素综合作用导致的，患者会长期处于情绪低落、睡眠质量差的状态。
其他方面的后遗症
肌肉骨骼问题： 一些患者康复后会有肌肉无力、关节疼痛的情况。比如有的患者会感觉四肢无力，活动耐力下降，或者有关节部位的疼痛，尤其是在长时间活动后疼痛会加重。疲劳综合征： 很多患者康复后会长期存在疲劳感，即使经过休息也难以缓解。这种疲劳感会持续很长时间，影响患者的日常工作和生活，患者会经常感到疲倦，精力难以恢复。