肾结石形成的原因较为复杂，其中尿液中某些物质浓度过高是重要因素。一般来说，人体尿液中一些晶体物质，如钙、草酸、尿酸、胱氨酸等浓度升高，就容易形成肾结石。比如，当尿液中钙含量长期处于较高水平，超过了尿液的溶解能力，钙就可能结晶析出，逐渐形成结石。
代谢异常方面
尿液成分改变： 人体新陈代谢会产生各种物质，若代谢出现问题，尿液中的成分就可能失衡。例如，尿钙排泄增加，当每日尿钙排泄量超过200毫克时，就会增加肾结石形成的风险。还有尿草酸排泄增多，像一些人爱吃富含草酸的食物，如菠菜、草莓等，会使尿草酸水平升高，容易引发草酸钙结石。另外，尿酸排泄过多也与尿酸结石形成相关，当尿酸排泄量超过正常范围，就可能形成尿酸结石。
局部因素方面
尿路感染影响： 泌尿系统发生感染时，细菌、脓块等会作为核心，使尿液中的晶体物质围绕其沉积，从而促进肾结石形成。比如，变形杆菌等细菌能分解尿素，使尿液碱化，促使磷酸镁铵和磷酸钙沉积形成结石。尿路梗阻问题： 当尿路存在梗阻时，尿液排出受阻，会导致尿液在局部潴留，使晶体物质更容易沉积下来形成结石。像先天性肾盂输尿管连接部狭窄、输尿管结石等都可能引起尿路梗阻，增加肾结石发生的几率。
其他因素方面
饮食与饮水习惯： 长期摄入高盐、高动物蛋白的饮食，会增加尿液中钙和尿酸等的排泄，提高肾结石风险。而饮水过少会使尿液浓缩，尿液中晶体物质浓度升高，容易析出形成结石。一般建议每天饮水量要达到2000 - 3000毫升以上，保证充足的尿量来稀释尿液中的晶体物质。疾病与药物因素： 一些疾病如甲状旁腺功能亢进，会使体内钙代谢紊乱，导致血钙升高，尿钙排出增加，易形成肾结石。某些药物也可能影响尿液成分，比如长期服用维生素C，在体内代谢后会增加草酸的排泄，增加草酸钙结石形成的可能性。