龟头炎的治疗药物需根据病因选择，一般细菌感染引起的龟头炎，常用莫匹罗星软膏等抗生素类药物。比如由细菌感染导致的急性浅表性龟头炎，可外用莫匹罗星软膏，它能抑制细菌蛋白质合成，起到抗菌作用。而念珠菌感染引起的龟头炎，常用克霉唑乳膏等抗真菌药物。像克霉唑乳膏通过抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响其代谢过程来发挥抗真菌功效。
细菌感染性龟头炎用药
莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，对龟头部位的细菌感染有较好的抗菌效果，能有效抑制常见的金黄色葡萄球菌等。红霉素软膏： 属于大环内酯类抗生素，对大多数革兰阳性菌、部分革兰阴性菌及一些非典型致病菌如衣原体、支原体均有抗菌活性，可用于细菌感染引发的龟头炎。
真菌感染性龟头炎用药
克霉唑乳膏： 对多种真菌尤其是白色念珠菌具有较好的抗菌作用，能抑制真菌的生长繁殖。咪康唑乳膏： 同样是抗真菌药物，通过干扰真菌细胞膜的合成发挥作用，可用于治疗念珠菌性龟头炎。
其他类型龟头炎用药
甲硝唑软膏： 如果是滴虫感染引起的龟头炎，甲硝唑软膏有一定疗效，它能阻碍滴虫的氧化还原反应，使病原体氮链断裂。需要注意的是，在使用药物治疗龟头炎时，要保持局部清洁卫生，避免刺激。如果是糖尿病等基础疾病导致的反复龟头炎，还需积极控制基础疾病。同时，不同病因引起的龟头炎用药不同，一定要在医生明确诊断后选择合适的药物，不要自行盲目用药。