连花清瘟和999感冒灵存在以下区别：
一、成分不同。
1.999感冒灵主要包含野菊花、三叉苦、金盏银盘、咖啡因、对乙酰氨基酚、马来酸氯苯那敏等成分，属于中西药合剂。
2.连花清瘟胶囊是中成药，含有连翘、金银花、炙麻黄、炒苦杏仁、石膏、板蓝根、贯众、鱼腥草、广藿香、大黄、红景天、薄荷脑、甘草等13味中药成分。
二、功效不同。
1.999感冒灵主要针对感冒引发的发热、头痛、鼻塞、咽痛、流鼻涕等症状，起到治标的作用，其在退热、止痛方面功效更为显著。
2.连花清瘟具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效，临床上主要用于治疗流行性感冒导致的发热、肌肉酸痛、咳嗽、头痛、咽干、咽痛等症状，有标本兼治的效果。
总结：连花清瘟和999感冒灵在成分和功效上都有明显差异，在使用时应根据具体症状和需求来选择。