阴囊的毛根下有小疙瘩，可能是以下原因引起：
1.正常的毛囊：阴囊上有很多毛囊，这些毛囊可能会出现一些小疙瘩，这是正常的生理现象，不需要特殊处理。
2.皮脂腺异位症：皮脂腺异位症是一种皮脂腺疾病，可发生于口腔黏膜、外生殖器部位。表现为针头大小、孤立的、高出皮面的黄白色小疙瘩，无自觉症状。一般不需要治疗，如果患者要求治疗，可以使用激光、冷冻等方法去除。
3.传染性软疣：传染性软疣是由传染性软疣病毒感染引起的一种传染性皮肤病。表现为半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。治疗方法主要是刮除，然后涂以2%碘酊或3%三氯醋酸。
4.尖锐湿疣：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的一种性传播疾病。主要表现为外生殖器及肛门周围的疣状赘生物，可逐渐增大、增多。治疗方法包括物理治疗、药物治疗、免疫疗法等。
5.阴囊湿疹：阴囊湿疹是一种过敏性皮肤病，可表现为阴囊皮肤红斑、丘疹、水疱、渗出、结痂、脱屑等。治疗方法主要是外用糖皮质激素软膏，如糠酸莫米松乳膏、丁酸氢化可的松乳膏等。
如果阴囊的毛根下有小疙瘩，伴有瘙痒、疼痛、红肿等症状，或者小疙瘩持续不消失或逐渐增大，建议及时就医，明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意保持阴囊清洁干燥，避免搔抓、摩擦，避免使用刺激性的药物和化妆品。