阴囊的毛根下有小疙瘩，可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的情况：
1.毛囊炎：（由金黄色葡萄球菌感染毛囊引起的炎症。）当阴毛的毛囊部位受到细菌感染时，可能会出现红肿、疼痛的小疙瘩。
2.皮脂腺异位症：（皮脂腺发育的生理性变型和皮脂腺增生所致的皮脂腺疾病。）皮脂腺异位症可发生于口腔黏膜及外生殖器部位，表现为针头大小、孤立的、高出皮面的黄白色小疙瘩。
3.传染性软疣：（由传染性软疣病毒感染引起的传染性皮肤病。）传染性软疣可表现为半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。
4.尖锐湿疣：（由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的以肛门生殖器部位增生性损害为主要表现的性传播疾病。）尖锐湿疣初起为细小淡红色丘疹，以后逐渐增大增多，单个或群集分布，湿润柔软，表面凹凸不平，呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起。
5.其他：（如阴囊湿疹、疥疮、皮脂腺囊肿等。）
如果发现阴囊的毛根下有小疙瘩，建议及时就医，医生会根据具体情况进行诊断和治疗。在就医前，应注意保持局部清洁，避免搔抓和挤压，以免加重症状。同时，应注意个人卫生，勤换内裤，避免不洁性行为。