阴茎短小通常由促性腺激素分泌异常、原发性小阴茎或尿道下裂等因素引发。所谓阴茎短小是指阴茎外观无异常，但长度小于同年龄段人群平均长度的2.5个标准差。一般而言，成年男性阴茎平均长度在8.1厘米至10.6厘米之间，周径为8.3厘米至12.1厘米。
一、促性腺激素分泌异常。当下丘脑垂体功能出现问题，会致使促性腺激素分泌要么不足要么过多，进而导致睾酮水平降低或功能减弱，从而对阴茎发育产生影响，比如脑发育异常等情况就会造成阴茎短小。比如，若下丘脑垂体功能异常，(1)可能导致促性腺激素分泌不足，使得睾酮水平下降，无法正常支持阴茎的发育；(2)也可能导致促性腺激素分泌过多，同样会影响睾酮的功能，最终引起阴茎短小。
二、原发性小阴茎。受遗传因素影响较大，有些患者在青春期阴茎会有增长情况，但其病因并不十分明确，可能是由于性睾酮分泌下降所致，也可能是因为雄激素受体异常，从而出现阴茎短小的症状。例如，(1)遗传因素可能直接导致原发性小阴茎的出现；(2)性睾酮分泌下降或者雄激素受体异常等，都可能引发这种情况。
三、尿道下裂。这是一种较为常见的先天性生殖器畸形病症，也会导致阴茎短小现象的发生。比如，(1)尿道下裂这种先天畸形本身就会使阴茎的形态和大小受到影响；(2)其畸形的状况会直接导致阴茎短小的结果。
总之，阴茎短小的产生主要源于上述几种情况，了解这些原因有助于更好地认识和处理相关问题。