导致婴儿阴茎短小的原因有以下几点：
1.遗传因素：阴茎的大小与遗传因素有关，如果家族中有阴茎短小的情况，那么婴儿出现阴茎短小的概率可能会增加。
2.内分泌因素：在胎儿发育过程中，睾酮是促进阴茎发育的重要激素。如果母亲在怀孕期间患有某些疾病，或者胎儿本身存在某些问题，都可能导致睾酮分泌不足，从而影响阴茎的发育。
3.营养因素：母亲在怀孕期间的营养状况对胎儿的发育也有重要影响。如果母亲营养不良，或者摄入的某些营养物质不足，可能会影响胎儿的发育，包括阴茎的发育。
4.其他因素：一些先天性疾病，如尿道下裂、隐匿性阴茎等，也可能导致阴茎短小。此外，一些后天因素，如阴茎外伤、感染等，也可能影响阴茎的发育。
需要注意的是，婴儿的阴茎大小会随着生长发育而逐渐变化，一般在青春期后会达到成人水平。如果家长对婴儿的阴茎大小存在疑虑，建议及时咨询医生，进行详细的检查和评估。医生会根据具体情况给出相应的建议和治疗方案。