厌氧菌感染的症状因感染部位不同而有所差异。比如口腔厌氧菌感染时，可能会有口腔异味、牙龈红肿出血等表现，严重的还可能形成脓肿。
口腔厌氧菌感染症状
牙龈部位表现： 患者会发现牙龈红肿，触碰时容易出血，而且牙龈周围可能有不适感。有的患者牙龈上还可能出现小的脓疱，按压时会有脓液流出。口腔整体气味： 口腔会散发出明显的臭味，这是因为厌氧菌在口腔内代谢产生了特殊的有异味的物质。
腹腔厌氧菌感染症状
腹痛表现： 腹痛是比较常见的症状，疼痛程度不一，可能是隐痛、胀痛或者较为剧烈的疼痛。疼痛的部位多与感染部位相关，比如如果是阑尾部位的厌氧菌感染，会有右下腹疼痛。消化道症状： 可能出现恶心、呕吐的情况，还可能伴有食欲减退。严重时可能会有腹胀，这是因为腹腔内感染影响了胃肠道的正常蠕动功能。
女性生殖道厌氧菌感染症状
阴道分泌物异常： 会出现阴道分泌物增多的现象，分泌物的颜色可能发黄、发绿，质地也会发生改变，比如变得黏稠或者呈脓性。局部瘙痒疼痛： 阴道局部会有瘙痒感，而且可能伴有疼痛，尤其是在性生活或者排尿时，疼痛可能会加重。
肺部厌氧菌感染症状
咳嗽咳痰： 咳嗽是常见症状，痰液的性质也有特点，可能会咳出脓性痰，有时候痰中还可能带有血丝。发热表现： 患者往往会有发热的情况，体温可能会在38℃以上，而且发热持续时间可能较长，如果感染没有得到控制，发热会反复出现。