厌氧菌感染的症状因感染部位不同而有所差异。比如口腔厌氧菌感染时，可能会出现口腔异味、牙龈红肿、疼痛甚至化脓等症状，约有70% - 90%的口腔感染与厌氧菌有关。
口腔厌氧菌感染症状
牙龈部位： 牙龈会出现红肿现象，用手轻触时可能有疼痛感，严重的还可能有化脓情况，同时口腔会散发难闻的气味。牙齿相关： 可能会引发牙龈炎、牙周炎等，牙齿周围组织受影响，出现牙齿松动等情况的概率也会增加。
腹腔厌氧菌感染症状
腹部疼痛： 多为持续性的隐痛或胀痛，疼痛部位因感染具体位置而异，比如阑尾部位厌氧菌感染会有右下腹疼痛。消化道症状： 可能出现恶心、呕吐，还可能伴有食欲减退，严重时会影响肠道功能，导致腹泻等情况。
妇科厌氧菌感染症状
阴道分泌物异常： 会出现白带增多的情况，白带颜色可能发黄、发绿，且有特殊的臭味，类似鱼腥味。阴道瘙痒： 外阴部位会有不同程度的瘙痒感，尤其是在夜间瘙痒可能会加重，影响患者的生活质量。
呼吸道厌氧菌感染症状
咳嗽咳痰： 咳嗽较为频繁，痰液量较多，且痰液可能带有臭味，这是因为厌氧菌感染导致呼吸道分泌物成分改变。呼吸困难： 如果感染影响到肺部，可能会出现呼吸急促、呼吸困难的症状，尤其是感染较重时，会感觉喘气费力。