怀孕48天下体有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕初期，胚胎着床不稳定，过度劳累、性生活、剧烈运动、孕酮值低等因素可能导致先兆流产，出现阴道少量褐色分泌物，常伴有腹痛。需要及时就医，进行保胎治疗。
2.宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床称为宫外孕，以输卵管妊娠最常见。宫外孕时，胚胎发育不良，随着孕囊的生长，会导致输卵管破裂，引起大出血，甚至危及生命。怀孕48天，需要做B超检查，明确孕囊是否在子宫内。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性妊娠滋养细胞疾病，与营养状况、年龄、内分泌、孕卵异常等因素有关。停经后阴道流血是葡萄胎的典型症状，多为暗红色或褐色，量多少不定。B超检查可以确诊。
4.宫颈息肉：宫颈息肉是慢性宫颈炎的一种表现，息肉质地脆弱，触碰后容易出血，导致阴道分泌物中有血丝。妇科检查可以发现宫颈息肉。
5.其他：阴道炎、宫颈炎、子宫内膜息肉、子宫肌瘤等也可能导致怀孕48天下体有褐色分泌物。
总之，怀孕48天下体有褐色分泌物是一种异常现象，需要及时就医，查明原因，采取相应的治疗措施。同时，要注意休息，避免劳累和性生活，保持外阴清洁。