疱疹性咽峡炎通常由肠道病毒引起，治疗上主要是对症用药。一般来说，可使用一些缓解症状的药物。
对症治疗的常用药物
退热药物：如果患儿体温超过38.5℃，可使用对乙酰氨基酚来退热，它能通过抑制前列腺素合成发挥解热镇痛作用。对于6个月以上儿童，也可在医生评估下选用布洛芬，布洛芬通过抑制环氧化酶（COX）的活性，减少前列腺素合成，从而减轻炎症反应和发热。缓解咽痛药物：可以使用含漱液，如生理盐水，能清洁口腔，减轻局部炎症。还可以使用一些喷雾制剂，如开喉剑喷雾剂，它能清热解毒、消肿止痛，缓解咽部疼痛不适。
抗病毒药物的使用情况
一般不常规用抗病毒药物：大多数疱疹性咽峡炎是自限性疾病，病程约1周。对于普通患儿，不需要常规使用抗病毒药物。但对于免疫缺陷的患儿，可在医生评估下考虑使用抗病毒药物，如干扰素α，它具有抗病毒、抑制细胞增殖以及调节免疫等作用，但使用需严格掌握适应证。
护理方面的注意事项
饮食调整：患病期间要给患儿提供清淡、易消化的食物，如米粥、面条等。避免给患儿吃辛辣、刺激性食物以及过烫的食物，以免加重咽部疼痛。让患儿多喝水，每天保证足够的水分摄入，一般建议每天饮水量在500~1000毫升左右，有助于缓解咽部不适和促进新陈代谢。隔离与休息：疱疹性咽峡炎具有传染性，要让患儿隔离休息，避免交叉感染。一般隔离时间建议至少7天左右，让患儿保证充足的睡眠，有助于身体恢复。同时要注意保持室内空气流通，室内温度保持在20~25℃，湿度保持在50%~60%左右，有利于患儿舒适恢复。