治脑血栓并没有绝对最好的药，需根据发病时间等情况选择。一般在发病4.5小时内符合条件的患者可考虑使用阿替普酶等溶栓药物，能溶解血栓，改善预后，但有严格的适用及禁忌证。
溶栓药物的应用
阿替普酶：是常用的溶栓药，能通过激活体内纤溶酶原变为纤溶酶，溶解血栓。但需在发病4.5小时内使用，且要严格评估患者情况，比如有颅内出血病史、近期有重大手术等情况就不能用。尿激酶：也是一种溶栓药，可直接激活纤溶酶原，使转变为纤溶酶发挥溶栓作用，不过同样有严格的时间窗要求，一般在发病6小时内有可能应用，但效果等方面与阿替普酶有差异。
抗血小板聚集药物
阿司匹林：通过抑制血小板的环氧化酶，减少血栓素A2的生成，从而抑制血小板聚集。一般建议在发病后尽早服用，如果没有禁忌证，通常可以长期小剂量服用来预防脑血栓复发等情况，但有胃肠道出血倾向的患者要慎用。氯吡格雷：作用机制是选择性地抑制二磷酸腺苷（ADP）与血小板受体的结合及继发的ADP介导的糖蛋白GPⅡb/Ⅲa复合物的活化，从而抑制血小板聚集。常与阿司匹林联合用于一些急性缺血性脑卒中患者的治疗，不过也有出血等风险，用药时需监测血常规等。
神经保护药物
依达拉奉：是一种自由基清除剂，可抑制脂质过氧化，从而抑制脑细胞、血管内皮细胞、神经细胞的氧化损伤。能改善急性脑梗死患者的神经症状、日常生活活动能力和功能障碍，一般在发病后尽早使用，对于改善预后有一定帮助，但也可能有肾功能损害等不良反应风险。胞磷胆碱钠：可以增加脑血流量，促进大脑物质代谢，改善脑循环。对促进大脑功能恢复和苏醒有一定作用，可用于脑血栓患者的辅助治疗，不过使用时也要注意可能出现的不良反应等情况。