重症病毒性脑炎留下的后遗症包括：意识丧失，肢体活动异常，颅内压增高，瞳孔大小不一，呼吸节律不规则，可能出现抽搐甚至演变为癫痫，以及肢体瘫痪、智力落后、发育迟缓等。
一、意识丧失：这是由于病毒感染对大脑皮质功能产生严重影响所致。大脑皮质是意识的重要中枢，当受到损伤后，会导致患者无法保持清醒的意识状态。
二、肢体活动异常：病毒侵害可能影响到运动神经传导通路，从而使肢体出现各种异常表现，比如肢体无力、不能自主活动或活动不协调等。
三、颅内压增高：炎症反应等会引起颅内压升高，可能导致头痛、呕吐等症状。
四、瞳孔大小不一：脑部的损伤可能影响到瞳孔的神经调控机制，进而出现这种异常现象。
五、呼吸节律不规则：大脑中与呼吸调节相关的区域受影响，使得呼吸的正常节律被打乱。
六、抽搐演变为癫痫：脑部异常放电可能引发抽搐，若反复发作则可能发展为癫痫。
七、肢体瘫痪：运动神经受损严重时可导致肢体失去正常功能，出现瘫痪。
八、智力落后、发育迟缓：对大脑发育造成不良影响，导致智力水平低于正常以及生长发育速度减慢。
对于这些后遗症，需要进行长期的康复锻炼和营养脑神经治疗。通过康复锻炼来尽量改善肢体功能等，营养脑神经治疗有助于促进神经细胞的修复和再生。总之，这是一个漫长且需要耐心坚持的过程。