重症病毒性脑炎留下的后遗症包括：意识丧失、肢体活动异常、颅内压增高、瞳孔大小不一、呼吸节律不规则、抽搐甚至癫痫、肢体瘫痪、智力落后、发育迟缓等。
一、意识丧失：病毒感染侵袭中枢神经系统，可能对大脑皮层的功能产生严重影响，从而导致意识丧失，患者可能长时间处于昏迷状态。
二、肢体活动异常：脑部受损会干扰神经信号的正常传导，引起肢体的运动障碍，可能表现为偏瘫、肢体无力、不协调等。
三、颅内压增高：炎症反应等可使颅内压升高，出现头痛、呕吐等症状。
四、瞳孔大小不一：这通常提示脑部神经的损伤和功能异常。
五、呼吸节律不规则：会影响到呼吸中枢的正常调控，导致呼吸的频率和深度异常。
六、抽搐甚至癫痫：脑功能的紊乱易引发异常放电，出现抽搐，若频繁发作则可能演变为癫痫。
七、肢体瘫痪：对运动神经造成损害，进而导致肢体的瘫痪。
八、智力落后：脑部的损伤会影响认知和智力发育，使患者出现智力低下的情况。
九、发育迟缓：特别是对于儿童患者，可能对其身体和智力等各方面的发育产生阻碍。
对于这些后遗症，需要长期进行康复锻炼和营养脑神经治疗，这是一个漫长且持续的过程，需要患者及家属有足够的耐心和坚持。同时，要密切关注患者的病情变化，以便及时调整治疗方案，尽可能改善患者的预后。