结石的治疗方法需根据结石的部位、大小等情况来定。比如肾结石直径小于6毫米时，可先尝试保守治疗；而较大的结石可能需要手术等方式。
药物治疗方面
针对小结石： 对于一些尿酸结石，可以使用别嘌醇等药物来降低尿酸水平，减少结石形成。别嘌醇能抑制尿酸合成，从而降低尿液中尿酸浓度。而对于草酸盐结石，可使用枸橼酸氢钾钠等药物，它能增加尿液pH值，抑制草酸盐结晶形成。不过药物治疗要在医生指导下进行，因为不同成分的结石用药不同。
体外冲击波碎石
适用情况： 适用于直径在2 - 2厘米以下的肾结石或输尿管上段结石。一般来说，经过1 - 2次体外冲击波碎石治疗，大部分结石可被击碎。但对于过于坚硬的结石，可能效果不佳。治疗时患者会有一定的疼痛感，不过多数人可以耐受。
手术治疗
输尿管镜取石术： 适用于中下段输尿管结石以及一些较小的肾结石。手术是通过尿道插入输尿管镜，找到结石后用激光等将结石击碎取出。术后患者恢复相对较快，一般住院3 - 5天左右。经皮肾镜取石术： 主要用于治疗较大的肾结石，如直径大于2厘米的结石。手术是通过腰部建立通道，进入肾脏后用器械取出结石。这种手术创伤相对大一些，但对于较大结石能更彻底取出，术后可能需要住院7 - 10天左右。