真菌感染的症状因感染部位不同而有所差异。比如皮肤真菌感染时，常见症状有皮肤瘙痒、出现红斑、脱屑等，像足癣（脚气），患者会感到脚部瘙痒，脚趾间皮肤可能发红、脱屑。
皮肤真菌感染症状
皮肤红斑： 感染部位的皮肤会出现红色斑块，边界有时比较清晰。比如体癣，就是在皮肤上出现圆形或椭圆形的红斑，边缘隆起，中心可能有自愈倾向。脱屑现象： 皮肤表面会有皮屑脱落，尤其是手部真菌感染引发的手癣，手指间或手掌部位会有白色或灰白色的皮屑。
呼吸道真菌感染症状
咳嗽咳痰： 肺部真菌感染时，患者常常会咳嗽，可能咳出白色黏液痰，如果感染比较严重，痰中可能会带有血丝。比如肺念珠菌感染，患者会有咳嗽症状，痰呈黏稠胶冻状。发热表现： 部分呼吸道真菌感染患者会出现发热情况，体温可能在38℃左右，而且发热持续时间可能较长，如果不及时治疗，发热不容易消退。
消化道真菌感染症状
腹痛腹泻： 胃肠道真菌感染时，患者可能会出现腹痛，疼痛程度不一，同时伴有腹泻，大便可能呈稀水样或糊状。例如念珠菌引起的消化道感染，会导致肠道功能紊乱，出现腹痛、腹泻症状。恶心呕吐： 还可能有恶心呕吐的症状，尤其是食管真菌感染时，吞咽食物可能会有梗阻感，进而引发呕吐。
深部真菌感染症状（以中枢神经系统为例）
头痛头晕： 当真菌侵犯中枢神经系统时，患者会出现头痛，疼痛较为剧烈，还可能伴有头晕症状，影响正常的平衡感。意识障碍： 严重时可能会出现意识障碍，如嗜睡、昏迷等情况，这是因为真菌累及脑部组织，影响了神经系统的正常功能。