吃辣椒就拉肚子主要原因有以下几方面。首先是胃肠道敏感，据研究，约10% - 15%的人胃肠道对辣椒中的辣椒素较为敏感，辣椒素会刺激胃肠道蠕动加快，从而引发腹泻。
胃肠道本身的问题
肠易激综合征患者：这类人群的肠道比较脆弱，辣椒素作为一种刺激性物质，很容易诱发肠易激综合征发作，导致拉肚子。一般来说，肠易激综合征患者在食用辣椒后，短时间内就可能出现腹痛、腹泻等症状。肠道炎症患者：如果本身患有肠炎，如溃疡性结肠炎等，肠道黏膜处于相对敏感和受损状态，辣椒中的辣椒素会进一步刺激肠道黏膜，加重炎症反应，进而引起拉肚子。例如，溃疡性结肠炎患者食用辣椒后，腹泻症状往往会明显加重。
辣椒素的刺激作用
辣椒素会直接作用于胃肠道的神经末梢，它能促使胃肠道分泌一些物质，改变肠道的渗透压等环境。正常情况下，肠道可以较好地调节水分和电解质平衡，但在辣椒素刺激下，肠道的这种调节功能被打乱，水分吸收减少，就容易出现腹泻。比如，吃了较辣的食物后，很快就会有便意，这就是辣椒素刺激肠道蠕动加快，水分来不及充分吸收导致的。
个体消化酶缺乏
部分人身体内缺乏某些能够有效分解辣椒素的消化酶，这样辣椒素就不能被及时分解代谢，从而长时间刺激胃肠道。例如，体内缺乏特定的酯酶等，使得辣椒素在胃肠道内停留时间较长，持续刺激肠道，引发拉肚子。而且，这种情况在不同个体间差异较大，有些人可能只是少量吃辣椒就会有反应，而有些人可能耐受度稍高。