脑干损伤后遗症能否好转，与损伤程度、治疗时机等因素有关。一般来说，轻度脑干损伤后遗症有一定恢复可能，重度的恢复相对困难，但也有部分患者经过积极治疗能改善症状。
后遗症的恢复情况与损伤程度相关
轻度脑干损伤： 如果脑干损伤程度较轻，例如只是轻微的轴索损伤等，经过及时有效的治疗，约有30% - 50%的患者有可能在数月内逐渐改善后遗症。比如一些意识障碍较轻的患者，可能在数周后意识逐渐清醒，运动功能等也能逐步有所恢复。重度脑干损伤： 要是脑干损伤非常严重，出现大面积出血、严重的挫裂伤等情况，后遗症恢复就比较困难。大部分重度脑干损伤患者可能会遗留长期的严重后遗症，像长期昏迷、严重的肢体瘫痪、认知功能严重障碍等。
治疗干预对恢复的影响
早期综合治疗： 在脑干损伤后的早期，积极进行综合治疗有助于改善后遗症。早期可以通过药物来减轻脑水肿，如使用甘露醇等药物，为神经恢复创造条件。同时，高压氧治疗对部分患者也有帮助，一般需要进行多个疗程的高压氧治疗，可能持续数周甚至数月。康复训练： 康复训练对脑干损伤后遗症的恢复至关重要。在病情稳定后，就应尽早开展康复训练。包括针对肢体运动功能的康复训练，如被动活动关节、按摩等，预防肌肉萎缩和关节僵硬；对于吞咽障碍的患者，进行吞咽功能训练；还有认知功能训练等。康复训练需要长期坚持，可能需要数月到数年的时间。
个体差异对恢复的作用
年龄因素： 年轻患者相对年老患者可能恢复潜力更大。因为年轻人的神经修复能力相对较强，所以在相同程度的脑干损伤下，年轻患者出现后遗症后恢复的可能性相对更高一些。例如同样是中度脑干损伤，20岁的患者可能比60岁的患者恢复得更好。基础健康状况： 本身基础健康状况良好的患者，在面对脑干损伤后遗症时恢复也更有优势。比如没有其他严重基础疾病的患者，身体的整体状况更有利于接受治疗和进行康复训练，从而促进后遗症的改善。而有基础疾病如糖尿病、高血压等的患者，可能会因为基础疾病的影响，影响神经恢复等过程。