自然流产后肚子疼的原因包括子宫收缩、感染因素以及流产不全等，对此应在医生指导下进行针对性治疗，且自然流产后要多注意休息并做好外阴清洁卫生。
一、子宫收缩：自然流产很多时候是由运动、性生活等因素引发子宫强烈收缩刺激导致的。刚流产后，由于子宫的强烈收缩会造成血管缺血，使得子宫出现痉挛现象，或者导致神经受到压迫，从而产生疼痛感觉。这种情况下要做好保暖措施，可以通过热敷的方式来缓解不适。
二、感染因素：自然流产后身体的免疫力会比较低，如果此时个人卫生不佳或者过早进行性生活等，就有可能导致细菌入侵，在体内大量繁殖并刺激子宫壁，进而出现肚子疼、发热等状况。此时可以遵医嘱使用甲硝唑片、阿莫西林胶囊等药物进行治疗。
三、流产不全：自然流产后如果没有注意休息或者没有做好保暖等，导致胎囊组织、瘀血等残留在子宫内未能完全排出，就可能刺激子宫内膜而引发疼痛。这时建议到医院进行清宫手术治疗。
如果自然流产后持续出现肚子疼的情况，建议前往医院妇科就诊，通过子宫镜、血常规、腹部彩超等相关检查来明确原因，并积极配合医生进行治疗。
总结提示：自然流产后肚子疼的原因多样，要根据具体情况采取相应措施，同时若疼痛持续应及时就医检查和治疗。