扁桃体炎的治疗药物需根据病情来选，一般细菌感染引起的扁桃体炎，常用青霉素类抗生素，比如青霉素V钾片，不过约10%的人对青霉素过敏，这时候可选用头孢类抗生素，像头孢克洛等。
细菌感染引发的扁桃体炎用药
青霉素类药物： 如果是敏感菌导致的扁桃体炎，青霉素V钾片是常用药，它能抑制细菌细胞壁合成来杀菌，但对青霉素过敏者不能用。头孢类药物： 头孢克洛适用于多种细菌感染引起的扁桃体炎，不过对头孢菌素类药物过敏者禁用，而且服用期间不能饮酒。
病毒感染引发的扁桃体炎用药
抗病毒药物： 如无环鸟苷，主要针对疱疹病毒引起的扁桃体炎，能抑制病毒DNA合成，但可能会有头痛、恶心等不良反应。不过一般病毒感染引起的扁桃体炎具有自限性，病情较轻时可能只需对症治疗。
对症治疗的药物
解热镇痛药： 当扁桃体炎伴有发热、咽痛时，可使用对乙酰氨基酚，它能缓解疼痛和退热，成人一次0.5克，若持续发热或疼痛，可间隔4 - 6小时重复用药一次，24小时内不超过2克。不过严重肝肾功能不全者禁用。布洛芬也可用于退热止痛，成人一次0.3 - 0.6克，每4 - 6小时一次，24小时不超过2.4克，胃溃疡患者要慎用。含漱液： 复方硼砂含漱液可以清洁口腔、杀菌消炎，能减轻扁桃体炎引起的咽部不适，使用时取适量含漱，一日3 - 4次。