怀孕48天连续两天出现褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕初期，胚胎着床不稳定，过度劳累、剧烈运动、性生活等可能导致先兆流产，出现褐色分泌物。此时需要注意休息，避免劳累和性生活，同时及时就医，医生一般会建议进行保胎治疗，常用的保胎药物有黄体酮胶囊、地屈孕酮片等。
2.宫外孕：受精卵在子宫以外的部位着床，也会出现阴道流血，常伴有下腹疼痛。宫外孕是一种危险的情况，需要及时就医，通过超声检查等方式确诊，并采取相应的治疗措施，如手术治疗或药物治疗。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种异常妊娠，子宫内的胎盘绒毛滋养细胞增生，间质高度水肿，形成大小不一的水泡。葡萄胎也会导致阴道流血，常为暗红色或血性水样分泌物。确诊葡萄胎后，需要及时进行清宫手术，并定期复查。
4.其他：宫颈息肉、宫颈炎、阴道炎等也可能导致阴道分泌物异常，但这种情况一般不会伴有腹痛。
总之，怀孕48天出现褐色分泌物需要引起重视，及时就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持心情愉快，按时产检。如果出血量增多或出现腹痛等不适，应立即就医。