毛囊炎根治需从多方面着手，包括改变环境、改善自身体质以及使用抗生素药物治疗。
一、改变环境方面。毛囊炎常发生在潮湿、多汗、摩擦、刺激或毛发多的部位。比如夏天一些男孩子屁股上可能因局部环境因素而出现毛囊炎，体毛多的人以及头皮出汗、出油多的地方也易长毛囊炎。所以要努力破坏这种易滋生毛囊炎的环境，保持局部清洁、干燥，穿着透气的衣物，勤加清洗，避免潮湿多汗。
二、改善体质方面。这需要在日常生活中养成良好的生活习惯和饮食习惯，适当锻炼增强体质等。
三、药物治疗方面。
1.若皮损少且症状较轻，可用碘伏、酒精擦拭，外用莫匹罗星软膏、夫西地酸软膏等。
2.若皮疹数目众多，或者有些情况较为严重，如头皮穿掘性毛囊炎，可口服盐酸米诺环素、多西环素等抗生素。
3.对于反复发生的情况，还可口服异维A酸胶丸等药物进行抑制。
总之，要根治毛囊炎，需改变环境，改善自身体质，同时合理运用抗生素药物进行治疗。