胃肠神经官能症是一组胃肠综合征的总称，其症状表现多样。一般来说，患者可能会出现约数月甚至数年的反复发作情况。
消化系统症状表现
腹痛：多发生在肚脐周围或下腹部，疼痛程度不一，有的是隐痛，有的可能是胀痛，疼痛没有明显的规律性，在进食后可能会加重，但也有的患者在进食后腹痛会缓解。腹胀：患者常自觉腹部胀满不适，尤其是在进食后腹胀感更为明显，有时可伴有腹部咕噜咕噜响（肠鸣音亢进）的情况。恶心呕吐：部分患者会出现恶心的感觉，严重时会伴有呕吐，呕吐物多为胃内的容物，一般呕吐后腹部不适可能会有一定程度的减轻。
精神心理方面症状
焦虑抑郁：患者可能会长期处于焦虑、抑郁的情绪状态中，表现为情绪低落、对事物缺乏兴趣、容易紧张不安等。例如有的患者会整天忧心忡忡，觉得自己身体状况很差，对未来缺乏信心。失眠多梦：睡眠受到影响，出现入睡困难、睡眠浅、多梦等情况，长期的失眠又会进一步加重胃肠不适的症状，形成一个恶性循环。比如有的患者晚上翻来覆去很久都难以入睡，睡着了也容易被噩梦惊醒。
其他伴随症状
排便异常：有的患者会出现便秘，大便干结、排便困难，几天才排便一次；而有的患者则表现为腹泻，大便次数增多，质地稀薄，每天可能会排便数次甚至十余次。还有的患者会出现便秘与腹泻交替的情况，时而便秘，时而腹泻，给生活带来诸多不便。全身不适：部分患者可能还会伴有乏力、头晕等全身不适的症状，虽然身体没有明显的器质性病变，但就是感觉浑身没劲、精神状态不佳。