两只眼睛不对称能够进行矫正，通常可通过物理治疗、开眼角手术、斜视矫正术等来实现。
一、物理治疗：若长期过度用眼导致眼肌疲劳，进而引发眼肌痉挛、出现两眼不对称的情况。这时可以采取以下措施，(1)热敷，用热毛巾敷5至10分钟；(2)按摩，沿着上眼眶左右反复按摩，以促进血液循环，缓解眼部肌肉紧张、痉挛的现象，从而改善双眼不对称问题。
二、开眼角手术：要是由于内眦赘皮，可能会有大小眼、两眼不对称的状况。此时可进行开内眼角手术，将增生的皮肤组织切除，便能达到改善双眼不对称的效果。
三、斜视矫正术：如果因为先天性遗传、颅脑损伤等原因造成眼外肌的运动功能障碍，使得双眼不能正视前方、呈现双眼不对称的情况，那么可以通过斜视矫正，采取手术移位、缝合眼外肌等方式，来调整眼外肌的长度、着力点，进而调整其对眼球的牵拉力，以此改善双眼不对称的症状。这些手术都需要在正规医院开展。
总之，对于双眼不对称的矫正方法有多种，可根据具体情况选择合适的方式，但都要在专业正规的医疗机构进行操作。