卵巢囊肿的治疗需根据囊肿的性质、大小、患者年龄等因素来定。一般来说，直径小于5厘米且无症状的生理性囊肿，有一定概率自行消失，可定期（通常3~6个月）复查超声观察变化。
生理性囊肿的观察处理
小尺寸生理性囊肿： 像滤泡囊肿、黄体囊肿等生理性囊肿，很多时候会在月经周期变化中自然消退。如果囊肿直径小于5厘米，且通过超声等检查确定为生理性，可先不急于手术，遵医嘱定期复查超声，观察囊肿大小变化。一般建议间隔3个月左右复查一次，持续观察2~3个月经周期。观察中的注意事项： 在观察期间，如果出现下腹部突然剧痛等异常情况，要及时就医，因为少数生理性囊肿可能发生破裂、扭转等急腹症情况。
病理性囊肿的手术治疗
囊肿较大或持续存在： 如果卵巢囊肿直径大于5厘米，或者经过几个月经周期观察仍不消退，多考虑为病理性囊肿，一般建议手术治疗。手术方式有多种，如卵巢囊肿剥除术，适用于希望保留卵巢功能的患者；还有患侧卵巢切除术，适用于年龄较大且无生育要求、囊肿为恶性倾向等情况的患者。手术通常在腹腔镜下进行，相对创伤较小，术后恢复较快，一般住院时间在3~7天左右。特殊情况的手术考量： 对于绝经后女性发现的卵巢囊肿，由于绝经后卵巢囊肿恶变风险增加，即使囊肿较小也多建议手术切除。
药物辅助治疗情况
辅助药物使用： 一般来说，单纯依靠药物治疗卵巢囊肿的效果有限。但对于一些因炎症引起的卵巢囊肿，可能会使用抗生素等药物辅助治疗炎症。不过这种情况比较少见，大多还是以手术等处理囊肿本身为主。比如因盆腔炎症导致的炎性卵巢囊肿，在手术治疗的同时，可能会短期使用抗生素来控制炎症，但这只是辅助手段，主要还是针对囊肿进行处理。