淋巴水囊瘤胎儿通常与淋巴系统发育异常有关。一般认为是在胚胎发育过程中，淋巴系统形成阶段出现障碍，导致淋巴组织异常增生、积聚，进而形成水囊瘤。
染色体异常因素
染色体数目或结构的异常可能影响淋巴系统的正常发育，从而增加胎儿出现淋巴水囊瘤的风险。例如某些特定染色体的畸变可能干扰与淋巴组织发育相关基因的功能，使得淋巴系统的构建出现问题。
遗传因素影响
如果家族中有相关的遗传倾向，胎儿遗传到异常基因的概率会升高，进而引发淋巴水囊瘤。一些遗传性的基因缺陷可能在胚胎发育早期就对淋巴系统的发育产生不良作用。
环境因素作用
孕期母亲接触某些有害环境因素，如辐射、某些化学物质等，可能干扰胎儿淋巴系统的正常发育，导致淋巴水囊瘤的发生。这些环境因素可能影响胚胎细胞的正常分化和组织器官的形成过程。
母体自身状况影响
母体在孕期患有某些疾病，如内分泌紊乱等，可能通过影响母体的内环境，间接影响胎儿淋巴系统的发育，增加胎儿出现淋巴水囊瘤的可能性。内分泌的失衡可能干扰激素调节，而激素对胚胎发育包括淋巴系统发育有重要作用。