错颌畸形会带来多方面危害，比如约有30%的人可能因错颌畸形出现口腔清洁困难，进而增加龋齿（蛀牙）的发生风险。
影响口腔健康
牙齿清洁问题： 错颌畸形往往会使牙齿排列不整齐，导致牙齿之间容易残留食物残渣，比如虎牙突出的情况，就很难彻底清洁干净，长时间下来，龋齿的发生概率会明显升高。牙周组织问题： 错颌畸形还可能影响牙周组织健康，像牙齿拥挤的人，牙龈沟较深，更容易堆积菌斑，引发牙龈炎，若不及时处理，还可能发展成牙周炎，出现牙龈红肿、出血、牙齿松动等问题。
影响面部美观
外貌形象受损： 严重的错颌畸形会对面部外观产生显著影响，例如地包天，会让下巴往前突，面部呈现凹面型，影响整体美观；而龅牙则会使嘴唇无法自然闭合，面部看起来不够协调。
影响咀嚼功能
咀嚼效率降低： 错颌畸形会干扰正常的咀嚼功能，比如反颌（地包天）会导致上下牙齿无法正常咬合，咀嚼食物时受力不均衡，使得咀嚼效率大大降低，进而影响食物的消化吸收。加重胃肠负担： 长期咀嚼效率低下，会加重胃肠的消化负担，因为食物没有被充分咀嚼就进入胃肠道，胃肠需要花费更多精力去消化，长此以往可能引发胃肠疾病。
影响心理健康
产生心理压力： 错颌畸形可能会让患者产生自卑心理，尤其是青少年时期，因为外貌问题容易受到同学的嘲笑，从而在社交、学习等方面产生心理压力，影响心理健康发展。