同房后第三天小腹痛，不一定是怀孕的征兆，可能是以下原因引起：
1.生理性原因：
排卵痛：女性在排卵期可能会出现一侧下腹疼痛，这是由于排卵时卵泡破裂以及排卵后卵泡液对腹膜的刺激所致，属于正常的生理现象。
精液刺激：同房时，精液进入女性体内可能会引起下腹坠胀感或疼痛，但通常会在短时间内自行缓解。
2.病理性原因：
盆腔炎：女性生殖器官、子宫周围结缔组织及盆腔腹膜发生炎症时，可出现腹痛、发热、阴道分泌物增多等症状。
其他：同房时动作过于剧烈或姿势不当，可能导致腹部肌肉拉伤或损伤；子宫内膜异位症、子宫肌瘤等疾病也可能引起腹痛。
需要注意的是，怀孕早期通常不会出现腹痛症状，即使怀孕，腹痛也可能是其他问题引起的，如先兆流产、宫外孕等。如果腹痛持续不缓解或伴有其他症状，如阴道出血、恶心、呕吐等，应及时就医，进行相关检查，以明确原因。
此外，如果女性有怀孕的计划，建议在备孕期间注意以下几点：
保持良好的生活习惯，均衡饮食，适量运动，避免熬夜和过度劳累。
在排卵期进行同房，可增加受孕的机会。
放松心情，避免紧张和焦虑情绪，因为情绪紧张也可能影响受孕。
如果有妇科疾病，应及时治疗，治愈后再备孕。
如果女性没有怀孕的计划，在同房时应采取有效的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等，以避免意外怀孕。同时，应注意个人卫生，避免感染性疾病的发生。