同房后第三天小腹疼不一定是怀孕了。怀孕一般不会这么早出现明显症状，通常受精卵着床需要6-7天左右，所以同房后第三天不太可能因为怀孕出现小腹疼。
可能的非怀孕原因
妇科炎症方面：阴道炎：如果本身有阴道炎，同房过程中可能会刺激阴道及宫颈，引发小腹牵扯痛。阴道炎有多种类型，如细菌性阴道炎、霉菌性阴道炎等，都会有阴道分泌物异常等表现。盆腔炎：同房可能会诱发盆腔炎急性发作，导致小腹疼痛。盆腔炎患者通常会有下腹部持续性疼痛，活动或性交后加重等情况。肠道问题：肠痉挛：同房时的姿势或动作可能会刺激肠道，引起肠痉挛，导致小腹疼。比如突然的扭转动作等，可能会让肠道痉挛，出现阵发性的小腹疼痛。肠炎：如果进食了不洁食物等，同房后可能诱发肠炎，出现小腹疼痛伴有腹泻等症状。泌尿系统问题：膀胱炎：同房时可能会对膀胱造成刺激，如果本身有膀胱炎，就可能引发小腹疼痛。膀胱炎患者一般会有尿频、尿急、尿痛，同时小腹有坠胀感等表现。尿道结石：如果有尿道结石，同房时的活动可能会导致结石移动，引起小腹疼痛。
怀孕相关的可能情况（较晚阶段）
着床相关：虽然同房后第三天一般着床还没完成，但如果着床有异常，个别人可能会有轻微腹痛，但这种情况非常少见，而且一般疼痛不明显。宫外孕：如果是宫外孕，一般在怀孕35-50天左右可能出现腹痛等症状，但同房后第三天距离宫外孕出现明显症状还太早，不过从理论上来说，如果是宫外孕，着床部位异常，也可能有腹痛，但概率极低。总之，同房后第三天小腹疼原因较多，不一定是怀孕引起的，需要结合自身其他情况综合判断，如果疼痛持续不缓解或伴有其他异常症状，如阴道出血、发热等，应及时就医检查。