小便时会阴部疼痛，可能原因包括：会阴部外伤，尿液刺激伤口所致；泌尿道疾病，如尿道炎、膀胱炎、前列腺炎；妇科疾病；结石或肿瘤。
一、尿道炎：
1.通常由淋球菌或非淋球菌感染引起。
2.患者常有尿频、尿急、尿道灼热、烧灼感或尿道发痒等症状，部分患者尿道口有白色分泌物可能提示支原体、衣原体感染，呈黄色可能是淋球菌感染。
3.若出现上述症状，需及时进行尿常规、分泌物化验等检查，依据检查结果，如使用甲硝唑等广谱抗生素进行抗感染治疗。
二、膀胱炎：
1.多由细菌感染导致，如大肠埃希菌。
2.尤其女性多发，小便时会阴部疼痛明显，同时伴有尿频、尿痛、血尿、小腹部疼痛等症状。
三、前列腺炎：
1.饮酒、嗜辣、憋尿、久坐等可诱发。
2.分为急性和慢性，患者小便时可能出现刺痛不适，还可能伴有尿频、尿急、憋不住尿、排尿不畅、尿后滴沥、尿浊等情况。
四、妇科疾病：
1.多见于宫颈炎、阴道炎，如霉菌性、滴虫性、老年性阴道炎等，可使女性出现尿道及会阴部疼痛，可能伴有尿道口红肿和阴道脓性分泌物等症状。
2.盆腔炎患者小便时因膀胱体积收缩、盆腔内压力下降，炎症部位受刺激也可能引起会阴部疼痛。
五、结石或肿瘤：
1.膀胱、尿道等部位发生时，结石、肿瘤刺激尿道黏膜或嵌顿在尿道，可能产生排尿异常及尿道不适。
患者若小便时感觉不适，应及时到医院就诊，通过尿常规、尿液培养等检查明确诊断，以便进行针对性治疗。总之，会阴部小便疼痛的原因多样，需要仔细检查和诊断，以便采取合适的治疗措施。