射精后阴茎疼痛的原因包括尿道炎、精囊炎、尿道狭窄、尿道结石等。
一、尿道炎：主要因淋球菌、非淋球菌引发尿道炎症。射精时，精液流经炎症区域会刺激尿道黏膜，从而导致疼痛。具体来说，当淋球菌、非淋球菌等病原体侵袭尿道后，会引起尿道黏膜的炎症反应，出现尿道口红肿、尿痛、尿频等症状。在射精过程中，精液通过病变的尿道时，就会进一步刺激已经受损的尿道黏膜，引发或加重疼痛。
二、精囊炎：患病时精液内会含有大量细菌或脓液。精液射出时易刺激尿道产生疼痛，同时伴有精液色泽改变。精囊炎通常是由于细菌逆行感染引起的，常见的致病菌有大肠杆菌、克雷伯杆菌等。炎症会导致精囊充血、水肿，分泌的精液中可能会含有炎性细胞、细菌等物质。当含有这些异常成分的精液在射精时通过尿道，会对尿道产生刺激，引起疼痛。此外，精液的颜色可能会变得发红或发黄。
三、尿道狭窄：多由前尿道疾病或海绵体纤维化导致。在射精瞬间，大量精液涌出会冲击局部狭窄的尿道，进而表现出疼痛症状。例如，前尿道的外伤、炎症、先天性畸形等可能导致尿道狭窄。海绵体纤维化也可能使尿道受到牵拉、变形，造成狭窄。当射精时，大量精液快速通过狭窄部位，会引起局部的压力急剧升高，从而导致疼痛。
四、尿道结石：若泌尿系结石嵌顿在尿道中，也会致使射精后尿道疼痛。在医护人员指导下排出结石，疼痛现象可快速缓解。当结石存在于尿道时，不仅在射精时会引起疼痛，平时也可能出现尿痛、排尿困难等症状。
总之，射精后阴茎疼痛大多是由尿道功能异常引起的。如果症状长期持续，必须及时就医检查并治疗。