三叉神经疼痛是一种常见的神经系统疾病，其病因较为复杂。目前认为，约有90% - 95%的原发性三叉神经痛是由于三叉神经根部受到血管压迫引起的，主要是小脑上动脉、小脑前下动脉等血管与三叉神经相互压迫，导致神经脱髓鞘，从而产生异常冲动，引发疼痛。
血管压迫因素
血管解剖变异：正常情况下，血管与三叉神经保持一定的距离，但部分人群存在血管解剖变异，如血管行程异常，使得血管贴近三叉神经根部。据研究，这种血管与神经的异常接触在三叉神经痛患者中占比较高。动脉搏动刺激：动脉的搏动会持续刺激三叉神经，长期的刺激会使神经纤维的电生理特性发生改变，进而引发疼痛发作。例如，小脑上动脉的频繁搏动可能反复刺激三叉神经，导致神经出现异常放电，引起面部剧烈疼痛。
神经脱髓鞘改变
髓鞘受损原因：当神经受到血管压迫等因素影响时，神经的髓鞘会逐渐受损。髓鞘就像神经的绝缘层，受损后神经的电信号传导会出现紊乱。多种因素都可能导致髓鞘受损，除了血管压迫外，自身免疫因素、病毒感染等也可能参与其中。异常电信号传导：髓鞘受损后，神经纤维之间的电信号传导不再像正常时那样有序，会出现异常的电信号传导，使得神经产生异位冲动。这些异位冲动不断传递，就会引发三叉神经分布区域的剧烈疼痛，疼痛往往突然发作，如闪电样、刀割样等。
其他可能因素
肿瘤压迫：颅内肿瘤，如桥小脑角区的肿瘤，也可能压迫三叉神经，导致疼痛。不过这种情况相对较少见，约占三叉神经痛病因的1% - 5%。肿瘤的生长会逐渐挤压三叉神经，使神经受到压迫而产生疼痛症状，疼痛的性质和发作特点可能与原发性三叉神经痛有所不同，但也会表现为面部的剧烈疼痛。多发性硬化：多发性硬化是一种中枢神经系统的自身免疫性疾病，也可能累及三叉神经，引起三叉神经疼痛。在患有多发性硬化的患者中，约有部分会出现三叉神经痛的症状，这是因为免疫系统攻击了神经的髓鞘，导致神经功能障碍，从而引发疼痛。