宫颈纳氏囊肿大多是宫颈的生理性变化，一般不需要特殊治疗。但如果伴有炎症等情况，可能需要相应处理。如果囊肿较大或有不适症状，可考虑以下方式。
无需特殊处理的情况
宫颈纳氏囊肿是宫颈转化区鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻、潴留形成的囊肿。大部分情况下，囊肿较小且没有明显症状，对身体也没有太大影响，不需要进行特殊治疗，定期做好妇科检查，观察囊肿变化即可，一般1 - 2年进行一次妇科超声等检查了解囊肿情况。
炎症相关的治疗
如果宫颈纳氏囊肿是因为宫颈局部炎症引起，比如同时有宫颈糜烂、白带异常等情况。此时需要针对炎症进行处理。如果是细菌感染导致的炎症，可以根据具体情况使用一些抗炎药物，不过药物主要是针对炎症本身，而不是直接针对囊肿。例如可以使用保妇康栓等药物，这类药物有一定的抗炎、改善阴道环境等作用，但使用药物需在医生指导下进行，因为不同的炎症类型用药可能不同。
物理治疗方式
当宫颈纳氏囊肿较大，或者合并有其他宫颈病变时，可能会采用物理治疗。比如激光治疗，利用激光的能量破坏囊肿的囊壁，使囊液排出，然后让新生的组织修复。一般激光治疗后要注意保持外阴清洁，避免感染，在治疗后的1 - 2周可能会有少量阴道分泌物增多，甚至少量阴道出血，这是正常现象，但如果出血较多要及时就医。还有冷冻治疗，是利用低温使囊肿组织坏死脱落，从而达到治疗目的。不过物理治疗需要注意治疗时机，比如避开月经期等，而且治疗后要按照医生要求进行护理和复查。
手术治疗情况
极少数情况下，宫颈纳氏囊肿可能需要手术治疗，比如囊肿非常大，或者怀疑有其他病变时。手术方式主要是将囊肿切开，排出囊液等操作。但手术治疗相对较少用，因为大多数宫颈纳氏囊肿是良性的生理性改变，只有在特定情况下才会考虑手术。术后也需要注意休息，预防感染等情况发生。