儿童抽动症的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与遗传因素、神经生物学因素以及心理社会因素等有关。据研究显示，约50% - 60%的抽动症患儿有家族遗传史，若一级亲属中有患抽动症的情况，儿童患病风险会增加。
遗传因素方面
基因遗传倾向： 抽动症具有一定的遗传易感性，相关基因的突变或多态性可能会增加儿童患抽动症的几率。比如某些与神经递质调控相关的基因发生变异，就可能影响神经系统的正常功能，从而引发抽动症状。家族聚集现象： 如果家族中有直系亲属患有抽动症，那么儿童患抽动症的可能性比普通人群要高。有调查发现，在有抽动症家族史的家庭中，儿童发病的概率比无家族史家庭高出2 - 3倍。
神经生物学因素方面
神经递质失衡： 大脑中的多巴胺、去甲肾上腺素、5 - 羟色胺等神经递质的失衡可能与抽动症有关。例如多巴胺功能亢进时，可能会导致抽动症状的出现。研究表明，抽动症患儿脑内纹状体部位的多巴胺代谢出现异常，使得多巴胺受体敏感性发生改变，进而引发肌肉不自主的抽动。神经解剖结构异常： 部分患儿可能存在大脑基底节等部位的神经解剖结构异常，比如基底节区域的体积、形态等与正常儿童有所不同。这些结构上的差异可能影响神经信号的传递，导致抽动症的发生。
心理社会因素方面
精神压力过大： 儿童如果长期处于精神紧张、压力过大的环境中，比如学习负担过重、家庭关系不和谐、受到严厉的批评指责等，都可能诱发或加重抽动症状。有临床观察发现，一些学业成绩差、经常被老师批评的儿童，抽动症的发生率相对较高。不良生活事件影响： 经历过重大的生活事件，如亲人离世、家庭搬迁、父母离异等，也可能成为儿童抽动症的诱因。这些不良生活事件会给儿童带来强烈的心理冲击，导致其心理状态失衡，从而引发抽动症状。