如果女性发现自身小阴唇内侧长了个小疙瘩，并且伴有疼痛，那么可能是由毛囊炎、前庭大腺囊肿、尖锐湿疣、生殖器疱疹等原因所引起。建议前往医院进行内镜检查或B超检查等，以明确具体的病因，再由医生给予针对性的治疗。具体如下：
一、毛囊炎：
1.通常是由葡萄球菌等感染导致。
2.在早期会出现红色毛囊性丘疹，之后可长出脓疱，可发生在外阴部位，小阴唇内侧也可能出现，同时伴有瘙痒或疼痛，严重时还可发展为疖肿等情况。
3.可遵医嘱外涂罗红霉素软膏或莫匹罗星软膏等抗生素软膏来进行治疗，若是疖肿则可进行手术切开排脓。
二、前庭大腺囊肿：
1.也被称为巴氏腺囊肿，因为前庭大腺出口位于小阴唇内侧，主要是由于前庭大腺管阻塞、分泌物不能排出而导致。
2.表现为小阴唇内侧长个小疙瘩且伴有疼痛。
3.如果囊肿较小且没有症状，可不进行治疗；若囊肿较大或形成了脓肿，则可行巴氏腺囊肿造口术来进行治疗。
三、尖锐湿疣：
1.一般是由人乳头瘤病毒感染所造成。
2.可呈现为小阴唇内侧长白色小疙瘩，伴有瘙痒或疼痛，之后会出现菜花样皮赘。
3.需要男女同治，可遵医嘱使用鬼臼毒素酊、咪喹莫特乳膏等进行治疗，也可使用冷冻、激光治疗或直接通过手术进行切除。
四、生殖器疱疹：
1.是由单纯疱疹病毒感染引起。
2.表现为小阴唇内侧长小疙瘩且伴有疼痛，之后会出现群簇小水疱以及痒感。
3.需要男女同治，通过口服抗病毒药物如利巴韦林、阿昔洛韦等进行治疗，若疼痛明显还可口服对乙酰氨基酚等进行止痛。
五、其他原因：
1.如外阴炎、外阴湿疹等也可能致使女性小阴唇内侧长小疙瘩且伴有疼痛。
2.需要就医后由医生给予不同的治疗，比如外阴炎可外涂抗生素软膏如红霉素软膏、莫匹罗星软膏等；外阴湿疹可外涂炉甘石洗剂、硼酸液等，同时需要口服抗组胺药物如西替利嗪等进行治疗。
总之，当女性出现小阴唇内侧长小疙瘩且伴有疼痛的情况时，应及时就医检查，明确病因后采取相应的治疗措施。