疟疾的病原学是由疟原虫引起的。疟原虫有多种，其中寄生于人体的疟原虫主要有四种，分别是间日疟原虫、三日疟原虫、恶性疟原虫和卵形疟原虫。
疟原虫的形态特征
疟原虫在红细胞内发育时形态会有变化。间日疟原虫和卵形疟原虫的滋养体形态有其特点，环状体较小，环纤细，红细胞内通常只寄生一个原虫；恶性疟原虫的环状体形态也有自身特征，其环状体的核常为两个，呈所谓的“双环状”；三日疟原虫的滋养体则有其独特的形态表现。
疟原虫的生活史
疟原虫的生活史包括在人体内和按蚊体内两个阶段。在人体内，疟原虫先在肝细胞内进行裂体增殖，然后进入红细胞内进行红细胞内期的发育。红细胞内期又包括滋养体、裂殖体和配子体等阶段。当按蚊叮咬疟疾患者时，疟原虫的配子体被吸入按蚊体内，在按蚊的胃内进行有性生殖，形成合子等阶段，最终发育为子孢子，子孢子随按蚊的唾液腺进入人体，又开始新的一轮在人体内的发育过程。
不同疟原虫引起疟疾的特点
间日疟原虫引起的疟疾一般间隔48小时发作一次；三日疟原虫引起的疟疾间隔72小时发作一次；恶性疟原虫引起的疟疾发作时间不太规则，可短至24 - 36小时发作一次，而且病情相对较严重，容易出现凶险发作；卵形疟原虫引起的疟疾发作间隔时间与间日疟原虫有些相似，但相对间日疟原虫来说症状可能稍轻一些。例如间日疟原虫在我国较为常见，在适宜的传播条件下容易引起疟疾的流行。