扁桃体结石的治疗方法有多种，较小的结石通常可以通过日常护理来处理，比如每天用温盐水漱口，每次含漱30秒左右，坚持每天多次，有助于松动和清除较小的结石。
自我护理法
简单漱口方式： 准备温的生理盐水，浓度大概是0.9%，像我们平时喝的矿泉水兑一点盐调配成盐水也可以。每天漱口几次，每次让盐水在口腔里充分接触扁桃体区域，利用盐水的冲刷作用，有可能把小的结石冲出来。观察等待情况： 如果结石很小，没有引起明显的不适症状，比如疼痛、异物感等，有时候可以先观察，有些小结石可能会自己脱落排出。
医疗处理办法
医生剔除结石： 当结石较大或者引起比较明显的症状时，医生会用专门的器械来剔除结石。比如在诊所或者医院，医生会用镊子等工具，轻轻地将扁桃体上的结石取出，这个过程一般患者可能会有一点异物感，但通常不会很疼。激光或微创手术： 对于反复出现扁桃体结石且情况比较严重的患者，可能会考虑激光治疗或者微创手术。激光治疗是利用激光的能量来破坏结石周围的组织，使结石更容易处理或者防止结石再次形成；微创手术则是通过较小的切口来处理扁桃体区域的结石问题，相对来说创伤比较小，恢复也比较快，但具体的操作和适用情况需要医生根据患者的实际病情来判断。
手术治疗情况
扁桃体切除术： 如果扁桃体结石频繁发作，严重影响生活质量，经过多种保守治疗效果都不好，医生可能会建议做扁桃体切除术。不过这是比较最后的治疗手段了，因为扁桃体是人体的免疫器官之一，切除后可能会对身体的免疫功能有一定影响，所以需要谨慎考虑。一般来说，只有在其他治疗方法都无效，而且结石问题严重影响到日常吞咽、呼吸等功能时才会考虑这种手术方式。