肾结石的形成与多种因素相关。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，超出了尿液的溶解能力，就容易形成肾结石。比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分浓度异常升高时，就可能逐步形成结石。
一、尿液成分异常相关
尿液中钙含量过高：当人体摄入过多含钙的食物，或者身体对钙的代谢出现异常时，尿液中的钙含量会升高。例如，长期大量饮用牛奶等含钙丰富的饮品，且身体不能及时将多余的钙代谢出去，尿液中钙浓度升高，就为肾结石形成提供了物质基础。草酸含量过高：像菠菜、苋菜、巧克力等食物中草酸含量较高，如果经常大量食用这类食物，而身体对草酸的排泄又不及时，就会使尿液中草酸浓度增加。当草酸与钙结合时，容易形成草酸钙结石。据统计，约80%的肾结石属于草酸钙结石。
二、尿液酸碱度影响
酸性尿液易形成尿酸结石：如果尿液呈酸性，尿酸在酸性环境下溶解度降低，容易析出形成尿酸结晶，长期积累就可能形成尿酸结石。一些喜欢吃高嘌呤食物（如动物内脏、海鲜等）的人，尿酸生成增多，若尿液酸性，就更易长尿酸结石。碱性尿液易形成磷酸镁铵结石：当尿液呈碱性时，镁离子和磷酸根离子容易结合形成磷酸镁铵结石。尿路感染时，细菌分解尿素产生氨，使尿液碱化，就会促进这类结石形成。
三、尿液中抑制物质减少
枸橼酸盐减少易促结石形成：枸橼酸盐是尿液中抑制结石形成的重要物质。如果体内枸橼酸盐分泌减少，就难以抑制尿液中钙等成分形成结石。比如一些患有肠道疾病的人，可能会影响枸橼酸盐的吸收，导致尿液中枸橼酸盐含量降低，增加肾结石发生风险。黏蛋白减少利于结石生长：黏蛋白能抑制晶体的聚集。当尿液中黏蛋白减少时，晶体更容易聚集形成结石。一些人由于遗传等因素，可能出现尿液中黏蛋白分泌异常减少的情况，进而促进肾结石形成。