结石的形成是多种因素共同作用的结果。以肾结石为例，一般来说，尿液中某些物质浓度过高，析出结晶，逐渐形成结石，比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常增多就容易引发肾结石。
尿液成分异常相关
草酸钙结石形成：当尿液中草酸含量过高时，就容易与钙结合形成草酸钙结晶。比如长期大量摄入富含草酸的食物，像菠菜、苋菜等，就会使尿液中草酸浓度升高，增加草酸钙结石形成风险。尿酸结石形成：体内嘌呤代谢紊乱会导致尿酸生成过多，或者尿酸排泄减少，都会使尿液中尿酸浓度过高，进而形成尿酸结石。例如痛风患者由于尿酸代谢异常，就较易长尿酸结石。
尿液酸碱度影响
酸性尿液与尿酸结石：尿液呈酸性时，尿酸更容易析出形成结晶。像一些患有代谢性疾病的人，或者长期服用某些影响尿液酸碱度药物的人，尿液酸性改变，就可能促进尿酸结石形成。碱性尿液与磷酸钙结石：尿液偏碱性时，磷酸钙等成分易沉淀形成结石。比如尿路感染患者，细菌分解尿素产生氨，使尿液变碱，从而增加磷酸钙结石形成几率。
尿路梗阻因素
尿道狭窄致结石：尿道存在狭窄情况时，尿液排出受阻，尿液中的晶体物质就容易在局部沉积，逐渐形成结石。比如先天性尿道狭窄患者，就比尿道正常的人更易长尿道结石。肾盂输尿管连接部梗阻：这会使尿液在肾脏内排出不畅，尿液中的成分滞留，慢慢就会形成肾结石。一些先天性泌尿系统畸形导致肾盂输尿管连接部梗阻的人，患肾结石风险较高。