感染性腹泻主要是由病原微生物感染引起的，常见的病原微生物有细菌、病毒、寄生虫等。例如，由志贺菌引起的细菌性痢疾，在全球每年约有1.63亿例发病，其中约110万人死亡。
细菌感染导致的感染性腹泻
沙门菌属感染： 沙门菌是常见的引起感染性腹泻的细菌之一。它可以通过污染的食物和水传播。例如，食用被沙门菌污染的肉类、蛋类等食物后，就可能引发腹泻，常伴有发热、腹痛等症状。大肠埃希菌感染： 其中肠致病性大肠埃希菌和肠产毒性大肠埃希菌等可导致感染性腹泻。一些污染的乳制品、生冷蔬菜等可能携带这类细菌，引起腹泻，症状轻重不一，轻者可能只是轻度腹泻，重者腹泻频繁。
病毒感染导致的感染性腹泻
轮状病毒感染： 是婴幼儿感染性腹泻的主要病原体之一。在全球范围内，每年有大量婴幼儿因轮状病毒感染出现腹泻，多见于6 - 24个月的婴幼儿，常引起秋季腹泻，表现为腹泻、呕吐、发热等症状。诺如病毒感染： 诺如病毒感染性腹泻在人群中较为常见，可通过污染的水源、食物、物品等传播。全年均可发生，冬季为高发季节，能引起成人和儿童的急性腹泻，症状包括恶心、呕吐、腹痛、腹泻等。
寄生虫感染导致的感染性腹泻
阿米巴原虫感染： 溶组织内阿米巴可引起阿米巴痢疾，导致感染性腹泻。患者常出现腹痛、腹泻，大便多为暗红色果酱样，有特殊腥臭味，病情轻重不一，有的可能症状较轻，有的则较为严重。蓝氏贾第鞭毛虫感染： 该寄生虫主要通过污染的水传播，感染后可引起腹泻，表现为间歇性腹泻、腹痛、腹胀、恶心、呕吐等症状，儿童感染后可能影响生长发育。