乳腺囊肿形成的原因目前尚未完全明确，可能与以下几方面因素有关。一般来说，内分泌紊乱是较为重要的一个因素。比如，体内雌激素水平异常升高，可能会导致乳腺导管上皮增生，使导管扩张形成囊肿。
内分泌失调因素
激素水平波动： 女性的内分泌系统会随着生理周期发生变化。在月经前期，体内雌激素水平相对升高，孕激素水平相对不足，这种激素失衡可能影响乳腺组织的正常代谢，导致乳腺导管出现扩张、分泌物潴留，进而形成囊肿。例如，有研究发现，约60% - 70%的乳腺囊肿患者存在不同程度的内分泌激素失衡情况。长期雌激素刺激： 长期服用含雌激素的药物，或者长期处于高雌激素的环境中，会持续刺激乳腺导管，使导管上皮过度增生，增加乳腺囊肿的发生风险。比如一些为了美容等目的长期服用含有雌激素保健品的女性，患乳腺囊肿的几率可能相对较高。
乳腺结构不良因素
乳腺导管异常： 乳腺导管本身的结构异常也可能引发囊肿。乳腺导管如果出现局部的梗阻，分泌物无法正常排出，就会在导管内积聚，逐渐形成囊肿。这种导管异常可能是先天性的结构问题，也可能是后天炎症等因素导致导管部分堵塞引起的。腺叶或小叶退化不全： 乳腺的腺叶或小叶在发育退化过程中，如果出现退化不全的情况，也可能导致乳腺组织出现异常的增生和潴留，从而形成囊肿。比如在乳腺的生长发育过程中，某些区域的腺叶或小叶没有按照正常的进程完全退化，就可能为囊肿的形成创造条件。
炎症相关因素
乳腺炎症遗留： 乳腺曾经发生过炎症，如乳腺炎，在炎症恢复后，可能会导致乳腺导管发生粘连、狭窄等改变，影响分泌物的排出，进而形成囊肿。例如，急性乳腺炎如果没有得到彻底有效的治疗，炎症消退后可能会遗留一些病理改变，增加乳腺囊肿的发生概率。慢性炎症刺激： 长期的慢性乳腺炎症刺激，会持续影响乳腺组织的微环境，导致乳腺导管的结构和功能发生改变，促使囊肿形成。慢性炎症可能由多种因素引起，如局部的细菌感染持续存在或机体自身的免疫炎症反应持续不消退等。