胚胎停止发育的原因较多，据相关研究，约50% - 60%的胚胎停止发育与胚胎染色体异常有关，这是早期胚胎停止发育最常见的原因。
一、母体因素
1. 内分泌异常：
黄体功能不全： 黄体分泌的孕激素对维持妊娠至关重要。如果黄体功能不全，孕激素分泌不足，就无法为胚胎着床和发育提供良好的子宫内环境，从而增加胚胎停止发育的风险。一般来说，黄体功能不全的女性体内孕激素水平会低于正常妊娠时的水平。甲状腺功能异常： 甲状腺分泌的甲状腺激素对胚胎的生长发育也起着重要作用。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响胚胎的代谢等多种生理过程；而甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也可能干扰胚胎的正常发育，导致胚胎停止发育。
2. 子宫异常：
子宫解剖结构异常： 如子宫畸形，像单角子宫、双角子宫等，子宫的形态异常会影响胚胎的着床和生长空间。另外，子宫肌瘤，尤其是黏膜下子宫肌瘤，会占据宫腔内的空间，影响胚胎的种植和发育，较大的子宫肌瘤还可能影响子宫的血供，不利于胚胎存活。宫腔粘连： 宫腔粘连会使宫腔容积减小，子宫内膜受损，影响胚胎的着床和发育，从而增加胚胎停止发育的可能性。
3. 免疫因素：
自身免疫性疾病： 例如系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，体内存在的自身抗体可能攻击胚胎，导致胚胎停止发育。这些自身抗体可以通过多种途径影响胎盘的血液供应和胚胎的正常发育过程。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受异常也可能导致胚胎停止发育。正常妊娠时，母体需要对胚胎产生一定的免疫耐受，若这种耐受失衡，母体的免疫系统就会攻击胚胎，引发胚胎停止发育。
二、父亲因素
精子染色体异常也是导致胚胎停止发育的原因之一。如果父亲的精子染色体存在异常，那么受精卵携带异常染色体的概率就会增加，从而影响胚胎的正常发育，导致胚胎停止发育。研究发现，精子染色体异常的男性，其生育的胚胎发生停止发育的风险较精子染色体正常的男性要高。
三、环境因素
1. 化学物质接触：
女性在妊娠期接触一些有毒有害的化学物质，如苯、甲醛等。这些化学物质可以通过呼吸道、皮肤等途径进入人体，干扰胚胎的正常发育过程，增加胚胎停止发育的风险。例如，长期处于甲醛超标的环境中，胚胎的细胞分裂、分化等过程可能会受到影响。
2. 辐射暴露：
过多接触放射性物质，如长时间接触X射线等。辐射会损伤胚胎的细胞遗传物质，导致胚胎发育异常，增加胚胎停止发育的几率。例如，在没有做好防护措施的情况下，从事放射相关工作的女性在妊娠期接触较多辐射，就可能面临胚胎停止发育的风险。