胚胎停止发育的原因较为复杂，据相关统计，约50% - 60%的胚胎停止发育与染色体异常有关。
一、胚胎因素
染色体异常： 无论是精子还是卵子染色体出现数目或结构的异常，都可能导致胚胎发育异常，最终引发胚胎停止发育。例如，常见的染色体数目异常有三体、单体等情况，结构异常包括染色体缺失、易位等。基因异常： 某些基因的突变或缺陷也会影响胚胎的正常发育，从而造成胚胎停止发育。目前已经发现一些特定基因的异常与胚胎发育障碍相关，但具体的基因作用机制仍在不断研究中。
二、母体因素
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胚胎发育至关重要。比如，黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，就容易导致胚胎停止发育。一般来说，黄体期孕激素水平低于正常范围，就可能存在黄体功能不全的情况。甲状腺功能异常也是影响因素之一，甲状腺功能减退会使机体代谢减缓，影响胚胎的生长发育；而甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也可能干扰胚胎的正常发育进程。全身性疾病： 孕妇患有严重的全身性疾病，如严重的糖尿病未控制好、高血压、心脏病心功能不全等，会使胎盘供血不足，进而影响胚胎的氧气和营养供应，导致胚胎停止发育。例如，糖尿病患者血糖长期控制不佳时，会对血管和微循环产生不良影响，影响胎盘的血液灌注。
三、免疫因素
自身免疫异常： 孕妇自身存在自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮等，体内产生的自身抗体可能攻击胚胎组织，导致胚胎停止发育。这些自身抗体可以通过多种途径影响胎盘的免疫环境和血液循环，阻碍胚胎的正常发育。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受异常也会引发胚胎停止发育。正常情况下，母体应对胚胎这种“半同种异体”组织应保持一定的免疫耐受，但如果这种耐受被打破，母体的免疫系统就会攻击胚胎，导致胚胎停止发育。目前研究发现，一些免疫相关因子的失衡与同种免疫异常导致的胚胎停止发育有关。
四、环境因素
化学物质接触： 孕妇接触过多的有害化学物质，如苯、甲醛、农药等，这些化学物质可能通过胎盘影响胚胎发育，增加胚胎停止发育的风险。例如，长期处于含有高浓度甲醛的环境中，会对胚胎的细胞分裂、分化等过程产生不良影响。放射性物质暴露： 孕妇受到过量的放射性物质照射，如接受不必要的X线检查等，辐射会损伤胚胎的细胞结构和遗传物质，导致胚胎停止发育。一般来说，孕期应尽量避免不必要的放射性暴露，因为即使是小剂量的辐射也可能对胚胎发育产生潜在危害。