拔上面的智齿和下面的智齿疼痛程度没有绝对的谁更疼，不过在一些情况上会有差异。一般来说，下面的智齿拔除相对复杂的情况可能更多见些，比如下颌智齿阻生的发生率相对较高。
生长位置与拔除难度的关系
上面智齿的情况：上面的智齿如果是正常萌出的，拔除相对相对容易些。但如果上面的智齿存在阻生，比如近中阻生等情况，也会带来一定拔除难度。正常萌出的上颌智齿，周围骨质阻力等相对没那么大。下面智齿的情况：下面的智齿很多时候是阻生的，尤其是近中阻生、水平阻生等。下颌骨的解剖结构使得下面智齿拔除时，可能涉及到的骨质去除、牙齿分割等操作更多。比如水平阻生的下颌智齿，需要切开牙龈、去除部分骨质、将牙齿分成几块才能拔除，相对上面智齿阻生的情况操作更复杂些。
神经分布与疼痛感知
上面智齿周围神经：上颌智齿周围的神经分布相对来说，在拔除过程中如果涉及神经刺激，患者感知疼痛的情况个体有差异，但一般来说，上颌骨骨质相对上颌智齿的阻力相对小。下面智齿周围神经：下颌智齿周围有下牙槽神经等重要神经分布。在拔除下面阻生智齿时，如果操作不当可能更容易涉及到神经，导致术后出现下唇麻木等情况，而且在拔除过程中对神经的刺激可能让患者在术中或术后感知到较明显的疼痛相关反应。
术后恢复的差异
上面智齿术后：上面智齿拔除后，术后疼痛等不适相对下面智齿可能轻一些。因为上颌骨血运相对丰富，术后恢复相对快些，疼痛等症状持续时间可能短一些。下面智齿术后：下面智齿拔除后，由于下颌骨的解剖特点，术后肿胀、疼痛等可能相对明显些。而且下面智齿拔除创伤相对大的话，恢复时间可能长一些，疼痛等不适持续时间可能更久些。比如创伤较大的下颌阻生智齿拔除后，可能肿胀会持续3 - 5天甚至更久，疼痛也会较明显。