双肾多发结石的根治需依据结石大小与位置选取适宜方法，具体如下：
一、双肾多发结石体积较小：若双肾多发结石直径小于0.6厘米，且未引发尿路梗阻，也无显著疼痛等症状，可遵医嘱服用排石药物或进行碱化尿液治疗，比如排石颗粒，其主要成分包括连钱草、车前子（盐水炒）、关木通、徐长卿、石韦、瞿麦、忍冬藤、滑石、苘麻子、甘草等，具有清热利水、通淋排石的功效，常用于肾脏结石、输尿管结石、膀胱结石等病属下焦湿热证者；还有金钱草颗粒，主要成分为金钱草，能清利湿热、通淋、消肿，用于热淋、沙淋、尿涩作痛、黄疸尿赤、痈肿疔疮、毒蛇咬伤、肝胆结石、尿路结石等。
二、双肾多发结石体积中等：要是双肾多发结石直径在1厘米左右，通常药物治疗效果欠佳，可考虑进行超声波体外碎石治疗，其利用高能冲击波将结石击碎，从而利于结石排出。
三、双肾多发结石体积较大：当双肾多发结石直径在2厘米以上时，需采用激光碎石的方式处理，例如经皮肾镜激光碎石手术。患者还可进行结石成分分析，在饮食方面也要做好调节，避免食用草酸、碳酸、嘌呤成分过高的食物，同时要多喝水并勤排尿，这有助于结石排出。
总之，对于双肾多发结石要根据具体情况选择合适的治疗方法，同时注意饮食和生活习惯的调整，以促进结石的排出和预防复发。