卵巢黄体囊肿通常是由于黄体期黄体形成过程中，黄体血肿吸收不全或反复出血，使黄体腔内液体增多而形成。一般来说，正常育龄女性都有可能出现这种情况，但具体机制还与激素水平等多种因素相关。
黄体形成相关因素
激素波动影响：女性体内的激素水平在月经周期中会发生变化，在排卵后，卵泡壁塌陷形成黄体，此时如果黄体期激素调节出现异常，就可能导致黄体囊肿形成。比如排卵后促黄体生成素等激素的波动，如果调节失衡，就容易使黄体腔内液体积聚。排卵过程影响：正常排卵时，卵泡破裂排出卵子后，卵泡壁塌陷形成黄体。如果在这个过程中，卵泡壁破损比较严重，出血较多，血液在黄体腔内积聚，就可能形成黄体囊肿。一般这种情况在排卵后7 - 8天左右比较容易发生。
个体差异相关因素
体质因素：不同女性的体质不同，有些女性可能自身凝血机制等方面存在一定个体差异，在黄体形成过程中，就更容易出现血肿吸收不全的情况，从而引发黄体囊肿。例如，部分凝血功能相对较弱的女性，黄体破裂出血后就更易形成囊肿。内分泌状态：内分泌系统是否稳定也很关键。如果女性内分泌失调，比如多囊卵巢综合征患者，本身内分泌紊乱，就可能影响黄体的正常形成和消退，增加黄体囊肿发生的几率。据研究，多囊卵巢综合征患者中黄体囊肿的发生率相对普通人群可能会高一些。
其他可能相关因素
外力因素：腹部受到撞击、剧烈运动等外力作用时，也可能影响黄体的状态。比如剧烈跳跃、奔跑等运动后，可能导致黄体囊肿破裂等情况，不过这也和黄体本身的状态有关。如果黄体本身已经处于比较脆弱的状态，外力就更容易诱发问题。药物影响：长期服用某些激素类药物，可能会干扰体内正常的激素平衡，进而影响黄体的形成和发展。例如长期服用避孕药的女性，体内激素环境改变，就可能对黄体囊肿的形成有一定影响，但具体机制还需进一步研究明确。