肺部小结节形成的原因有多种。一般来说，肺部小结节可能由感染因素引起，比如细菌、病毒、真菌等感染肺部后，人体的免疫反应可能导致肺部出现小结节；也可能与环境因素有关，长期吸入如石棉、煤尘、二氧化硅等有害物质，会增加肺部出现小结节的风险；另外，肺部的一些良性病变，像肺错构瘤、炎性假瘤等也可能表现为肺部小结节。
感染因素相关
细菌感染： 例如肺炎链球菌感染肺部后，有可能引发肺部炎症反应，在修复过程中就可能形成小结节。研究发现，由肺炎链球菌导致的肺部感染患者中，约有一定比例会出现肺部小结节样改变，但具体比例因不同研究而有所差异。病毒感染： 像流感病毒、巨细胞病毒等感染肺部，人体免疫系统会对病毒进行攻击，这个过程中可能会刺激肺部组织增生，从而形成小结节。部分感染病毒后引发肺炎的患者，经过检查会发现有肺部小结节存在。
环境因素相关
长期吸入石棉： 石棉纤维被吸入肺部后，会刺激肺部组织，引起炎症反应和纤维组织增生，进而容易形成肺部小结节。长期在石棉加工厂工作的人群，相较于普通人群，患肺部小结节的几率会明显升高。吸入煤尘： 在煤矿等工作环境中，长期吸入煤尘，煤尘会沉积在肺部，引发肺部的一系列反应，导致肺部小结节的形成。有长期煤矿工作史的人群，肺部小结节的检出率相对较高。
良性病变相关
肺错构瘤： 这是一种比较常见的肺部良性肿瘤样病变，由肺部正常组织在发育过程中出现异常组合形成。它通常是在体检做胸部影像学检查时被发现，一般生长较为缓慢，多数情况下不会引起明显症状。炎性假瘤： 是肺部组织受到炎症刺激后，局部组织增生形成的瘤样病变。多是由于肺部曾经发生过炎症，在修复过程中形成的局限性结节，一般边界比较清楚，通过进一步的检查可以与恶性肿瘤相鉴别。