确诊后，应先利用药物来控制感染，随后需尽快实施手术切除甲状舌管囊肿，从而防止反复感染以及癌变等不良状况出现。
一般治疗方面，当存在瘘口时，要着重保持患者瘘口周围皮肤的清洁，以免引发感染或者致使原有感染加剧。
抗生素治疗方面，对于急、慢性感染的患者，可以运用广谱抗生素来把控感染。
手术治疗方面，本病一旦确诊，就应当马上进行手术切除，以预防感染、瘘管或者癌变情况的发生。要是囊肿发生癌变，在手术切除后，或许还需要辅以放射治疗和化学治疗，即放疗和化疗。
总结概况提示：确诊后先药物控制感染再尽快手术切除，存在瘘口要保持清洁，急慢性感染可用抗生素治疗，确诊后应立即手术，囊肿癌变术后可能需放疗和化疗。