甲状舌骨囊肿主要的治疗方法是手术切除，一般确诊后建议尽早手术，通常儿童时期（5-10岁）手术较为适宜。
手术治疗为主
传统手术切除： 通过外科手术完整切除囊肿及相连的舌骨中段，这是最主要的治疗方式。手术需要在囊肿相对稳定、没有急性感染的时候进行，一般手术时间在1-2小时左右。微创手术： 近年来也有采用微创手术的方式，相对于传统手术，微创手术创伤更小，术后恢复相对较快。但微创手术对医生技术要求较高，适合囊肿位置较适合微创操作的患者。
手术时机选择
儿童期手术： 一般建议在5 - 10岁左右进行手术比较合适，这个时期孩子的身体发育情况相对适合手术，而且术后恢复能力也较强。如果年龄过小，身体各方面机能尚未完全发育，手术风险相对较高；年龄过大，囊肿可能会因为长期存在而增加恶变等风险。避免急性感染期： 手术应避开囊肿急性感染期，因为感染期手术可能会导致炎症扩散，增加手术难度和术后并发症的发生几率。如果囊肿处于急性感染阶段，需要先进行抗感染治疗，待炎症控制后再考虑手术。
术后注意事项
伤口护理： 术后要保持伤口清洁干燥，按照医生要求定期换药，一般术后2 - 3天需要更换一次敷料，观察伤口有无红肿、渗液等情况。如果伤口出现异常，如明显红肿热痛、大量渗液等，要及时就医处理。饮食注意： 术后短期内饮食要以清淡、易消化的食物为主，避免食用辛辣、刺激性食物以及过硬的食物，防止刺激伤口，影响愈合。可以多吃一些富含蛋白质和维生素的食物，如鸡蛋、牛奶、新鲜蔬菜水果等，有助于伤口恢复。定期复查： 术后需要定期复查，一般术后1个月、3个月、6个月等时间节点进行复查，通过超声等检查方式了解伤口愈合情况以及有无囊肿复发等情况。如果发现异常，能够及时进行处理。